Creating and Editing Groups
: FlowJo University

Creating and Editing Groups

これからグループをいくつか作っていきますが、データを使ってワークスペースを一から立ち上げた方が参考になると思うので、先に進んでこれをやります。まず、デスクトップにある、この PFICSComp ファイルフォルダをサンプルパネルにドラッグアンドドロップします。先ほど説明したように、このファイルフォルダには 46 個の FCS ファイルが入っています。All Stain サンプル、FMO コントロール、そして蛍光補正コントロール群です。ご覧のように、読み込まれると、ファイルフォルダ名の付いたグループがワークスペースで自動的に作成されます。グループをクリックすると 46 個のファイルが下のサンプルパネルに表示され、ファイル名、空欄の Statistics 欄 (まだ何も分析を追加していないため)、そしてそのファイルに含まれる細胞数またはイベント数の測定値が表示されます。ここでは、グループをいくつか作成して、こうした個々のサンプルを取り込む方法をお見せしたいと思います。

繰り返しになりますが、グループは、サンプルを整理するファイルフォルダのような働きをします。今ここには All Samples グループ、Compensation グループ、そしてファイルフォルダの PFICSComp グループがあります。複数のサンプルを異なるグループに入れることができます。蛍光補正コントロールは自動的に Compensation グループに入りましたが、PFICSComp グループや All Samples グループにも入っています。作成された PFICSComp グループをこれから削除しますが、グループを削除しても、そのグループ内のファイルはワークスペースから削除されないことをお見せしましょう。グループ内のファイルはまだ、ワークスペースの All Samples グループに入っています。ファイルをワークスペースから削除する唯一の方法は、All Samples グループをハイライト表示し、削除したいサンプルファイルをハイライト表示して [Delete] ボタンをクリックし、[OK] をクリックすることです。こうするとそのサンプルが削除されます。グループ内のサンプルは 45 個になりました。補正コントロールを 1 つ削除しました。このサンプルを元に戻したいときは、サンプルを見つけてワークスペースのサンプルパネルにドラッグすると、そのサンプルがまた追加されます。これでサンプルが 46 個に戻りました。

次に Compensation グループをダブルクリックして、12 個の補正コントロールが自動的に Compensation グループに入った理由をお話しします。Compensation グループには、$FIL キーワード (ファイル名キーワード) として "unstained" または "comp" という語を含むサンプルファイルがすべて取り込まれます。つまりこのいずれかの語がファイル名に入っていれば、それらのサンプルは自動的に Compensation グループに入ります。このグループはライブグループで、これら 2 つのキーワードに基づいてサンプルを取り込むという、サンプル取り込み基準が既に設定されています。この場合は、こうしたサンプルコントロール、つまり私が作成した補正コントロールですが、それらすべてのファイル名に "comps" という語を入れてあります (Bead Comps または Cell Comps)。するとファイル名の "Comps" という部分がグループ取り込み基準に捕捉され、そうしたサンプルが自動的に取り込まれますので、ワークスペースへの読み込み後にサンプルをグループに移動する必要もなくなるのです。

同様に、これから新しいグループを作成し、別のサンプルをいくつか取り込むことにします。サンプルは名前の特徴に基づいて取り込むことにします。[Create Group] ボタンはワークスペースの統計ツールバーにあります。このボタンは [FlowJo] タブの Navigate グループにもあります。お気づきのように、FlowJo™ リボンの操作ボタンの上にマウスを置くとドロップダウンツールヒントが表示され、そのツールでできることの説明と、操作を開始するためのホットキーが表示されます。先に進んで [Create Group] ボタンをクリックします。するとこのメニューが開き、グループの名前、色、テキスト形式、役割を入力するよう求められます。また任意で、名前の特徴や他のキーワード情報に基づいてサンプルを取り込むようにすることもできます。そこでこの最初のグループに "All Stain" という名前を付けることにします。お話ししたように、All Stain サンプルは試薬をすべて使用したサンプルです。これらが実際の実験対象です。色は青にします。太字のイタリック体にして、役割はテストグループにします。

ここで、作成したこのグループがサンプルの名前に基づいて必要なサンプルをすべて自動的に取り込むようにしたい場合は、取り込み基準を設定する必要があります。そこで、このドロップダウンの Keyword メニューから $FIL キーワードを選択します。デフォルトで表示されないときは、"$FIL" でこのメニューを検索すると、このファイル名キーワードが見つかります。次に "=" (一致) ではなく "Contains" (含まれる) を選びます。ファイル名に、ラボドナーを表す "LD" という頭字語が含まれていればよいことにします。この実験で使用していたのはラボドナーコホートのサンプルだからです。これで LD サンプルを All Stain グループに入れたいということになります。グループを作成すると、取り込み基準を設定していたため、All Stain グループが作成され、その中に 20 個のサンプルがあり、そのすべてが設定したサンプル取り込み基準を満たしていることがお分かりいただけると思います。

FMO (Fluorescence Minus One) コントロールに対しても同じことができます。FMOs グループを作成し、この場合はコントロールの役割を与えます。"Controls" とします。そして、ファイル名に "FMO" という頭字語が含まれているれば、こうした FMO サンプルをすべてこのグループに取り込むようにします。グループを作成すると、FMOs グループが表示され、名前に "FMO" を含む 14 個の FMO がすべてここに入ります。

キーワードやファイル名に基づく取り込み基準は 4 つまで設定できます。ここで LD サンプルと FMO サンプルの両方を含む統合グループを作成し、これを Master Gates グループと呼ぶことにします。こうすることで、ゲーティングが必要なすべてのサンプルに対するゲート構造アプローチを一本化できるようにします。この場合は、黄色は好きではないので他の色にします。赤にしましょう。太字のイタリック体にして、役割は Gating Level グループにします。今、ファイル名に "FMO" が含まれることが 1 つ目の基準として設定されていますが、[More Choices] メニューからさらに条件を追加できます。この条件は AND 条件でも OR 条件でも構いません。この 2 つのグループを統合するにはファイル名に "FMO" か "LD" が含まれていればよいので、"OR" を使用します。グループを作成すると、この Master Gates グループに 34 個のサンプルが含まれます。

これはグループ作成方法の 1 つ例です。グループ取り込み基準を設定せずに、My Group という名前を付けてグループを作成した場合は、最初はサンプルが入っていませんが、いつでも他のグループからドラッグアンドドロップで手動で移し替えることができます。この 4 つのファイルを選択して My Group にドラッグアンドドロップすると、4 つのファイルが含まれるようになります。ただこのグループは動的ではありません。ここからテンプレートを作成して週ごとに再利用する場合、サンプルを読み込んでも My Group にはサンプルが自動的に取り込まれません。作成したそれ以外のグループには、グループ作成時にサンプル取り込み基準を設定してあるため、読み込まれたサンプルのうち基準を満たすものが自動的に捕捉されます。繰り返し分析をするときは、この設定をしておくと少し楽になります。覚えておいてほしいのは、グループはいつでも消去できるということです。グループの特性もいつでも変更できます。グループをダブルクリックすると Modify Group ウィンドウが開き、取り込み基準、名前、役割などの特性を変更できます。

データを読み込んだらすぐに、次のテーマのグラフウィンドウに進みたい人がほとんどだと思いますが、その前に…どうぞ、Ebony。パネルが複数ある場合は補正グループを複数作成できるか、ということですね。はい。もちろんできます。良い質問です。新しいグループを作成し、Compensation Panel 2 という名前にして、好きな色を選択します。ここでの問題は、パネルが複数あると複数の試薬セットが表示されるということです。ファイルに試薬の名前を入れてある場合は、最初のパネル、次のパネル、三番目のパネル、というように表示されます。パネルを取り込み基準として使用すれば、それに従ってサンプルがパネルのグループに取り込まれます。でも私だったらここで、Compensation Panel 2 という 2 番目のグループを作り、役割は Compensation にして…あ、これは違いますね。ライブグループにはしません。グループを作成すると、Compensation Panel 2 が表示されます。このグループに入れたいサンプルはドラッグアンドドロップで移動できます。ですから私だったら、複数パネルのそれぞれの補正グループに適切な補正コントロールを割り振ります。このようにするのは、コントロールの必要な異なるパネルを異なる補正グループに分けておけば、補正マトリックスの設定に簡単に戻れるからです。でも複数の補正グループを作ることは可能で、そのようにして補正マトリックスを好きなだけ作成できます。