The Table Editor
: FlowJo University

The Table Editor

テーブルエディターは、統計ツールバーにあるこの格子状のアイコンです。[FlowJo] タブの Navigate 操作グループにある [Table Editor] や、ホットキー (コマンドキー +[T]) でも起動できます。起動するとレイアウトエディターに似たウィンドウが開きます。左上には [+]、[-] ボタンがあり、いくつかのタブやツールがあります。ここでは分析におけるゲート集団や統計について、テーブルを好きなだけ作成できます。

これからゲートをいくつかつかんでみます。CD8 陽性 T 細胞集団にしましょう。CD4 と、ゲート度数であるインターフェロンガンマ、パーフォリン、pERK もすべて含めることにします。これらのハイライト表示した集団をワークスペースのゲーティングツリーからテーブルエディターにドラッグアンドドロップすると、こうしたゲート集団とこれから作成する統計のリストがテーブルに作成されます。ダブルクリックして、このテーブルを "CD8+ Basic Gates"、ではなく "CD8+ basic stats" とします。

あるグループのすべてのサンプルをバッチ処理するには、見たいグループを設定します。まず All Stain グループを設定します。ですからサンプル数は 20 個です。次にテーブル、この場合は取りあえず表示用のテーブルを作成します。テーブルを作成します。表示用テーブルですね。ここで選択したグループ内のサンプルがすべて表示されます。外部テーブルを作成すると、テーブルエディターの各行が出力では列になります。出力では各行が、Iteration オプションで選択したワークスペースグループに含まれる個々のサンプルになります。

煩わしいのは、ゲーティングツリーが非常に長い場合、ヘッダーがかなり複雑になってしまうことです。この名前フィールドに集団の短い簡潔な名前を入力すると、名前を変更できることを知っておいてください。CD8 の度数は "CD8%" としましょう。 そして次です。"IFMG%"、"Perf%"、"pERK%"、そして "CD4%" とします。いいですね? このテーブルを作成すると、こうした短縮名がヘッダーに表示されます。少し見やすくなりますね。

お見せしたいもう 1 つの機能はテーブルエディターの視覚化ツールです。このツールは、分布に基づいてこうした数字に何らかの書式を適用します。表示されたテーブルの統計値に視覚的な書式を適用したい場合は、ヘッダーリボンの [Visualize] タブで、列、つまりここでは出力で列になる行のことですが、それらの行を選択し、何らかの視覚化機能を適用します。ここでは Heat Map 機能をお見せしましょう。機能をクリックすると Heat Map アイコンが行に追加され、[Table Editor] タブに戻って表示用のバッチレポート、つまりテーブルを作成すると、低値を青で表示、高値を黄色で強調表示するという独特の書式が各列に適用されているのが分かります。調査対象の様々なマーカーにおける差や、このアッセイでのサンプル応答の差が一目で分かります。異なるサンプル間でのばらつきが、よりはっきりと視覚的な形で見えるようになるのです。

また、標準偏差の表示などのオプションも使用できます。これは、統計値の平均から数値がどれだけ離れているかを示すもので、テーブルの最後の要約統計量となります。このテーブルを作成すると、イタリック体、太字イタリック体、赤い太字イタリック体のいずれかで数値が表示されます。列の要約統計量であるこの平均値との差が標準偏差の 1 倍、2 倍、または 3 倍を超えているかどうかが示されます。中心からどれだけ離れているかが分かるのです。

また、期待範囲と呼ばれるものを Preferences で設定する方法もあります。通常値が分かっていて、統計値が通常値を上回ったり下回ったりしたときだけ書式を加えたいとします。このような期待範囲を Preferences パネルの [Ranges] タブで設定し、適用したい度数、平均値、あるいは平均蛍光強度 (MFI) の範囲を定義します。これらを適用すると、その項目については異なる書式が適用されます。テーブルを作成する場合は、Heat Map を使用するとデータの検討を始めやすくなると思います。おっと、消してしまいました。もう 1 度やりましょう。消さずに Heat Map を適用します。そしてテーブルを出力して表示します。

こうした数値を FlowJo™ 解析用ソフトウェア の外に持ち出したい場合は、コマンドキー+ [A] またはコピーアンドペーストで、Excel ドキュメント、Google スプレッドシート、またはその他のスプレッドシートプログラムにコピーできます。これがコピーアンドペーストしたテーブルです。テーブルを作成したときの "Display" 設定を変えることもできます。"Display" を選択する代わりに、このテーブルを違う種類のファイルに出力することができます。テキストファイル、CSV テキスト、Excel ドキュメント、SQL データベースファイル、または HTML 形式の画像を作成できます。HTML 画像ではテーブルへのリンクが形成され、カラー書式が連動します。テキストファイルまたは Excel ファイルを選択すると、ファイルが作成されます。ここではデスクトップに作成します。

歯車ボタンをクリックすると、"CD8+ basic gates" という名前のテキストファイルが作成されます。そしてデスクトップに行くと、作成したテキストファイルがあります。Excel で開くと数値がすべて表示されます。この時点で、Excel のグラフ機能や他のグラフプログラムを使用して棒グラフを作成し、様々な患者群や刺激条件における差異を表示できます。

これが FlowJo™ 解析用ソフトウェア の基本的なワークフローです。データを読み込み、1 つのサンプルでゲーティングツリー (ゲーティング階層) を作成し、表現型や機能的反応を比較したい複数のサンプルに適用します。レイアウトエディターで、細胞の染色に使用したパネルで関心対象となる応答や他の表現型を示す美しいゲーティング階層レイアウトを作成します。そしてサンプルごとにゲートを確認し、すべてのゲーティングに満足したら、テーブルエディターで最終的な統計リストを作成します。このリストは外部で利用できます。