Keywords
: FlowJo University

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Keywords

ゲートの作成は、私が思うに FlowJo™ 解析用ソフトウェアで一番楽しい部分だと思います。データを掘り下げたり、染色対象の分布を確認したりするのですが、その前にキーワード情報について少し述べておきたいと思います。

私はデータを取得するときに多くのキーワードを作成する方で、データファイルにはすべて、患者 ID、タイムポイント、検体採取日といった関連情報が付けられています。前もってこうしておけば、[Configure] タブの [Edit Columns] 機能でそうしたメタデータ情報を表示できます。[Edit Columns] を開くと、その FSC ファイルで列のヘッダーとなりうるもののリストが左側に表示されます。$ マークのついたものは FCS 規格で必要とされているものです。試薬ラベルは、パラメータ名の後に "reagent" が付いたものです。例えば、Pacific Blue™という試薬で何が標識されているかを見るために、この欄でダブルクリックします。するとこれが右側の Columns To Display 欄に移動しますので、[OK] をクリックします。 すると、そのチャンネルの試薬ラベルが表示されます。この場合、Pacific Blue™は CD8 の分布を表しています。

また、患者 ID などの詳細情報により、キーワードをさらに追加することもできます。もう一度 [Edit Columns] をクリックし、$ マークを通り越して下までスクロールし、サンプル用に作成しておいた、頭に星印の付いたキーワード群を見つけます。頭に星印を付けたのは、こうしたキーワードをリスト内でグループ化することでアクセスしやすくするためです。患者 ID などはとても重要ですね。このアッセイに関してお話しした STIM (刺激) 条件もそうでしょう。下に行って、これはプレートを使用したアッセイなので、ウェル ID も見ることにしましょう。PID、STIM、ウェル ID がここに追加されました。[OK] をクリックするとキーワードのリストが表示され、患者 ID、STM 条件、ウェルが表示されます。

この情報のいずれかを変更する必要がある場合は、いつでもここに情報を入力して変更できます。試薬ラベルを間違えた場合は、試薬ラベルを表示してサンプルごとに変更できます。キーワードを何も追加していなくて後から追加する場合は、[Workspace] タブの [Keyword] 機能グループを選択します。その中に、新しいキーワードを追加するボタン ("+" マークと鍵マーク)、"Add Keyword" があります。ボタンをクリックすると名前入力用のフィールドが表示されるので、"My new keyword" と入力して [OK] をクリックします。すると、名前を付けたキーワードをヘッダーとする列が作成され、1、2、3、4 などと情報を入力できます。値をいくつか入力すると、それらがドロップダウンリストで表示されるようになります。

また 1 つの値をサンプルグループ全体に適用することもできます。値を入力してハイライト表示し、[Keyword] バンドの、値をグループにコピーする機能を使用して全体に適用します。これで 1 つの値が全体に適用されました。試薬の欄を変更したいときもこのようにします。"CD45" と入力します。ラベルが誤っていてこちらを適用したいときは、ハイライト表示してから値をグループにコピーします。CD8 に戻すときも同じようにします。一度入力したら、ハイライト表示して、値をグループにコピーします。

ここで重要なことは、こうしたキーワードを使用して、リストをソートできることです。ヘッダーを右クリックすると、そのキーワード情報でソートできます。また、こうしたキーワードをバッチ機能で使用すると、特殊な方法でレポートを作成できます。テーブルにおいてもそうです。分析から得られたすべての分析値とともに、作成するレポートにこうした情報を入れたいときは、テーブルエディタで同じ操作を行うことができます。

[Keyword] グループを使用してこうした属性をすべて FCS ファイルに追加すれば、データセットの整理をより効率的に行えるようになることを知っておいてください。