ご覧いただいているのは FlowJo™ version 10 Workspace です。これは基本的に、データを整理したり、FlowJo™ 内のすべてのツールや分析機能を利用するためのインターフェイスです。このインターフェイスは主に 3 つのセクションに分かれています。一番上にあるのがリボンインターフェイスで、複数の類似する関連機能のグループがまとまっています。そしてこれらのグループが異なるタブの中に入っています。タブは 6 つあり、それぞれのタブをクリックすると、各機能グループにアクセスできます。リボンインターフェイスの下にはグループパネルがあります。グループにはファイルフォルダのような機能があり、いくつかのサンプルファイルを管理しやすい単位にまとめることができます。こうしたグループ内のサンプルサブセットに対して独自の操作を行うことが可能です。
例えば、ここに Master Gates グループがありますが、このグループに含まれる 34 個のサンプルすべてに対して、同一のゲーティングツリーが適用されています。また、テーブルやレイアウトエディタから、特定のグループ内のサンプルのレポートを作成することもできます。グループパネルの下には、サンプルおよびサンプル解析のパネルがあります。 グループをハイライト表示すると、サンプルパネルにサンプルデータが表示されます。そのグループ内のサンプルだけがパネルに表示されます。Name 欄にはサンプル名が表示されます。次に Statistics 欄があります。サンプルのゲーティングを開始してゲーティングツリーを構築すると、この欄に実際の統計値が表示されます。これは通常、％ of Parentとなりますが、これについてはまた後で説明します。次は Number of cells 欄です。目的の細胞種へとゲーティングしていくと、異なる種類の細胞が除外され、調査したい特定の細胞タイプだけに絞り込まれていくため、細胞数が減少します。
サンプルパネルには他にもいくつかの欄がありますが、これはメタデータのキーワード情報で、ファイルの属性でもあります。患者 ID、刺激条件、ウェル ID (回収用プレート) などを、ファイルのデータに紐づけできます。すると、こうした属性によってリスト内のデータをソートできるようになります。あるいは、最終的に統計テーブルにエクスポートして、これらの情報を臨床データベースにマージしたり、サンプルに関する情報を個別にレポートしたりできるようになります。
リボンインターフェイスを詳しく見てみましょう。統計タスクバーがあり、サンプルのグループへの追加、サンプルのワークスペースへの追加を行うためのアイコンがあります。また、グループの新規作成、蛍光補正マトリックスの計算、テーブルエディタやレイアウトエディタへのアクセス、ワークスペース統計値の再計算を行うためのアイコンもあります。そして中央のピンクの線で囲まれているところに、タブが 6 つあります。[FlowJo]、[File]、[Edit]、[Workspace]、[Tools]、そして [Configure] というタブです。こうしたタブをクリックすると、その下に様々な機能が表示され、リボンインターフェイスでアクセスできるようになります。リボンインターフェイスは、右上の小さな青いリボン (青い線で囲まれた部分) をクリックしてカスタマイズできます。クリックすると、この Ribbon Configuration ウィンドウが開きます。各アイコンが、各操作グループ全体を表しています。類似機能や関連機能の入った任意のグループを選び、リボンインターフェイスの任意のタブに移動することもできます。よく使うものをすべて最初のタブに入れたりして、リボンインターフェイスを好みに合わせて整理できます。
FlowJo™ にデータを取り込むには、サイトメーターから取得した FCS ファイルや LMD ファイル、またはそれらのファイルを含むディレクトリを、「Drag Samples Here」と書いてあるサンプルパネルにドラッグアンドドロップします。また統計ツールバーや Navigate パネルには [Add Samples] ボタンがあります。ボタンをクリックすると、これらのファイルのハードドライブ上の場所を指定するよう促され、指定するとファイルがインポートされます。サンプルを取り込むと、データがコンピュータのメモリに読み込まれ、ワークスペースのサンプルパネルに表示されます。今日は 46 個のファイルを読み込み、順を追って機能の説明をしていきます。グラフウィンドウを確認し、ゲーティングツリーを構築してから、レイアウト調整やテーブル作成を行います。
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